In den Optionen können fast alle Voreinstellungen für Magellan gemacht werden. Nahezu alle Anzeigen sind flexibel konfigurierbar, so daß jeder "seinen" Magellan so konfigurieren kann, wie es ihm gefällt.
Aufgrund der großen Anzahl an Einstellmöglichkeiten ist der Optionen-Dialog in mehrere Bereiche unterteilt: